O SAPS, além da coordenação geral, possui as seguintes comissões distintas formadas por professores e funcionários da Faculdade Três de Maio e do Centro de Ensino Médio Setrem:

• Comissão Científica e Avaliadora do SAPS;
• Comissão Organizadora do Salão de Iniciação Científica, Jornada da Pesquisa e Prêmio Pesquisador SAPS;
• Comissão Organizadora da Mostra Estadual de Pesquisa da Educação Básica e Prêmios da mesma;
• Comissão Organizadora da Mostra Estadual de Pesquisa da Educação Profissional e Prêmios da mesma;
• Comissão Cultural.

A Coordenação Geral do SAPS tem como atribuições:

• Dirigir as reuniões gerais com os membros das comissões organizadoras de cada evento agregado ao SAPS;
• Assessorar as atividades das comissões organizadoras;
• Elaborar o orçamento geral do evento, a partir das necessidades das comissões;
• Elaborar o projeto do evento;
• Reportar-se à Direção como responsável geral pelo evento;
• Realizar a divulgação dos trabalhos aprovados pelas Comissões Científicas e Avaliadoras;
• Providenciar a publicação dos anais e certificados de participação no evento, conforme orçamento e projeto.

As comissões organizadoras dos eventos agregados ao SAPS em conjunto com os coordenadores dos núcleos de pesquisa da Setrem têm como atribuições:

• Organizar, divulgar e operacionalizar o SAPS;
• Encaminhar para a comissão científica e avaliadora a seleção dos trabalhos inscritos no respectivo evento;
• Garantir a adequação dos resumos e certificados ao modelo proposto e encaminhá-los no prazo para à Coordenação Geral;
• Coordenar a apresentação dos trabalhos, bem como a avaliação e seleção de trabalhos a serem premiados no Salão de Iniciação Científica, Mostra Estadual de Pesquisa e Jornada de Pesquisa Setrem;
• Realizar o processo de seleção dos trabalhos com base nos resultados emitidos pela Comissão Científica e Avaliadora, definindo as datas e locais das apresentações dos trabalhos por área do conhecimento;
• Encaminhar a Coordenação Geral do SAPS os resultados do processo de seleção para sanção e divulgação.

A Comissão Científica e Avaliadora tem como atribuições:

• Ler o trabalho que lhes foi enviado pelo respectivo coordenador de núcleo/área, emitindo notas da avaliação;
• Avaliar os trabalhos inscritos de acordo com os critérios de avaliação estabelecidos neste regulamento;
• Encaminhar os resultados das avaliações para suas respectivas comissões organizadoras dentro dos prazos estabelecidos.

A Comissão Cultural tem como atribuições:

• Organizar o(s) momento(s) cultural(is) do SAPS em conjunto com a coordenação geral do evento;
• Observar o atendimento de um momento cultural para todos os eventos agregados ao SAPS;
• Organizar o cerimonial de entrega do Prêmio Pesquisador SAPS.